Struktur kurikulum SMP Integral dan kontinuitas konsep pendidikan antar jenjang dalam pendidikan integral Hidayatullah, pada tingkat SMP diharapkan dapat dibentuk kepribadian islam sekaligus meningkatkan pemahaman tsaqofah islam (pada materi tsaqofah islam) serta memberikan penguasaan terhadap ilmu kehidupan (IPTEK dan keterampilan).
Hal ini mengingat anak telah memasuki jenjang usia baligh. Garis besar materi kedua kelompok tersebut adalah:
Kelompok materi tsaqofah islamiyah, meliputi materi :
Kepribadian islam (syakhshiyah islamiyah)
Aqidah islamiyah
Pemikiran islam dan pemikiran syariah
Dakwah islam
Akhlaq islam
Fiqh fardiyah (ibadah, makanan-minuman, pakaian, dan muamalat)
Bahasa arab
Ulumul Qur’an
Ulumul Hadist
Ushul Fiqh
Sirah nabawiyah
Tahfizhul Qur’an/Hadist
Sistematika wahyu (SW)
Kelompok materi ilmu kehidupan (IPTEK dan keterampilan), meliputi materi: